1、 下载并解压：sqljdbc_3.0.1301.101_chs.tar
2、 在sqljdbc_3.0\chs\auth\x86目录下将sqljdbc_auth.dll复制到C:\WINDOWS\system32目录中。
3、 目录sqljdbc_3.0\chs下的sqljdbc.jar或者sqljdbc4.jar放到目录：Protege_3.4.8\plugins\edu.stanford.smi.protegex.datamaster下。
4、 目录sqljdbc_3.0\chs下的sqljdbc.jar或者sqljdbc4.jar放到Protege的安装目录“Protege_3.4.8\”下，并改名为“driver.jar”。
5、 将driver.jar的目录如“ C:\Program Files\Protege_3.4.8\driver.jar; ”配置到系统环境变量ClassPath中。

准备工作已经做好了！！！

下面开始连接SQL数据库的设置：

连接方法一：

打开菜单File下的Convert Protégé to Format ，选择OWL/RDF Database 。

设置变量如下：
JABC Driver：com.microsoft.sqlserver.jdbc.SQLServerDriver
JDBC URL：jdbc:sqlserver://localhost:1433;databaseName=protege; IntegratedSecurity=false;
User Login：sa （SQL数据库的登录名（使用SQL Server身份登录））
Password：123456 （sa的密码）
其中JDBC URL中的protégé为你建立的数据库名，如果SQL登录设有密码，则IntegratedSecurity=false ，否则IntegratedSecurity=true ，用户名和密码就不用填了。

连接方法二：

打开菜单Project下的Configure ，选中 DataMaster Tab ，在标签DataMaster Tab中，同样设置以上信息可以连接到SQL数据库（Data Source type 选择 JDBC） 。

连接方法的英文网址：https://mailman.stanford.edu/pipermail/protege-discussion/2010-March/004086.html